MINIXをリリースからtrunkに上げようとしてハマりました。/etcは自動マージできないため、ばっさり消してしまうと簡単でした。最低限、fstabは残しておきます。
cp /etc/fstab /tmp rm -rf /etc /usr/etc cd /usr/src/etc make install mv /tmp/fstab /etc cd .. make world shutdown
MINIXの停止後にVMを再起動します。ブートメニューでは2のカスタムを選んでください。選択せずに待っていると自動的に2が選ばれます。1を選ぶと最初にインストールしたカーネルを起動するため、変更点が多い場合は起動しなくなります。